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Quel test pour savoir si je suis infecté-e par SARS-CoV-2?

Texte mis à jour le 2020-04-30


Pour savoir si je suis infecté-e par le virus SARS-CoV-2, on peut chercher la présence du matériel génétique spécifique à ce virus. Depuis que l’on connaît la séquence génétique du virus SARS-CoV-2, des tests dits RT-qPCR ont été développés et validés par l'OMS. Cependant ils ne permettent pas de détecter 100% des cas d’infection. Cependant ils ne permettent pas de détecter 100% des cas d’infection. Les tests sur la salive sont prometteurs car plus sensibles et faciles à mettre en place. Le test PCR est: 1) à faire précocement (pour limiter les faux-négatifs), 2) à faire quelle que soit la sévérité des symptômes (ceci reflète une stratégie de santé publique et non individuelle), 3) si la présomption clinique est forte, il est recommandé de s’isoler même si le test est négatif.

Les tests de dépistage de la maladie COVID-19 sont basés sur une technique de détection du matériel génétique du virus SARS-CoV-2 par Polymerase Chain Reaction (PCR).

Que prélève-t-on pour détecter le virus?Les tests actuels s’effectuent classiquement sur des prélèvements nasopharyngés à l’aide d’un écouvillon introduit assez profondément dans les fosses nasales. Le virus est aussi présent dans les fèces mais en faible quantité. Récemment, les tests reposant sur l’analyse de la salive se sont avérés plus sensibles car la charge virale est élevée. Vu que les prélèvements associés sont beaucoup faciles,les tests sur crachats sont très prometteurs pour tester rapidement une grande partie de la population. En outre, combiner les échantillons de plusieurs personnes d’une même maisonnée en un seul test pourrait permettre d’optimiser la détection des foyers infectés au sein de la population.

Comment détecte-t-on le virus ? Le traitement des échantillons, qu’ils soient nasopharyngés, salivaires, ou fèces, commence par une inactivation du virus, avant l’extraction du matériel génétique du virus, l’ARN. Pour l’analyse de la salive, on procède à la fluidification des prélèvements. En France, le protocole de détection de l’ARN du virus repose ensuite sur une amplification de type RT-qPCR en une étape mise au point au centre national de référence de l’Institut Pasteur et de l’organisation mondiale de la santé. L’amplification par RT-qPCR cible deux régions spécifiques du virus et une région génomique propre aux cellules du patient dans un « gène de ménage ». Cette séquence humaine permet de valider à la fois l’origine du prélèvement, la qualité des échantillons et de les normaliser les uns par rapport aux autres. On évite ainsi d’avoir de nombreux faux-négatifs liés à un mauvais prélèvement. Une gamme étalon d’ARN viral synthétique permet de quantifier dans les échantillons le nombre de molécules d’ARN de SARS-CoV-2. Au total, il faut compter environ 4 heures entre le début du traitement des échantillons et l’obtention du résultat du test au laboratoire.

Le test indique la présence de matériel viral uniquement pendant l’infection. Une personne qui a été infectée dans le passé et s’est rétablie par la suite sera négative pour le test RT-qPCR. Par contre, elle pourra être positive pour un autre test, le test sérologique. Le test RT-qPCR doit donc être réalisé précocement, quelle que soit la sévérité des symptômes.

Faux-négatifs. Notez que le virus chez certains malades COVID-19 n’a parfois pas été détecté dans les sécrétions nasopharyngées alors qu’il était présent dans des liquides des poumons. Ces cas de faux-négatifs révèlent le fait que le virus peut rester présent dans le corps sans être nécessairement présent dans les sécrétions nasales ou buccales utilisées pour les tests. De plus, si le prélèvement est mal effectué, il est possible qu’il soit négatif alors que la personne est infectée. Ainsi, même si le test est négatif, les signes cliniques peuvent conduire à la conclusion du COVID-19 et de la nécessité d’un isolement.


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Sources

Premières mesures de la quantité de virus chez des patients COVID-19 hospitalisés (1er avril 2020).

Wölfel, R., Corman, V. M., Guggemos, W., Seilmaier, M., Zange, S., Müller, M. A., ... & Hoelscher, M. (2020). Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature, 1-10.

Une des premières études indiquant la fiabilité des tests salivaires.

Azzi, L., Carcano, G., Gianfagna, F., Grossi, P., Dalla Gasperina, D., Genoni, A., ... & Maurino, V. (2020). Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV-2. Journal of Infection.

Une des premières études indiquant la fiabilité des tests salivaires.

Williams, E., Bond, K., Zhang, B., Putland, M., Williamson, D.A. (2020) Saliva as a non-invasive specimen for detection of SARS-CoV-2. J Clin Microbiol. pii: JCM.00776-20.

Les mesures sur la salive sont plus sensibles que les tests nasopharyngés.

Wyllie, A. L., Fournier, J., Casanovas-Massana, A., Campbell, M., Tokuyama, M., Vijayakumar, P., ... & Petrone, M. E. (2020). Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs. medRxiv.

Regrouper les échantillons au sein d'une maisonnée pourrait permettre d'optimiser la détection des foyers infectés au sein de la population.

Hogan, C. A., Sahoo, M. K., & Pinsky, B. A. (2020). Sample Pooling as a Strategy to Detect Community Transmission of SARS-CoV-2. JAMA.

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