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Quel prélèvement pour tester la présence du coronavirus : nasopharyngé ou buccal ?

Texte mis à jour le 2020-06-03


Les prélèvements buccaux sont à préférer et commencent à être utilisés en routine aux Etats-Unis et en Angleterre.

Bien que prélèvement nasopharyngé ait constitué le test de référence au début de l’épidémie, de nombreux pays sont maintenant passés aux prélèvements buccaux, qui comportent moins de risques pour le préleveur et ne requièrent pas d’équipements de protection individuelle. A ce jour, au moins huit études, effectuées en Italie, en Australie, à Hong-Kong, à Bangkok, au Japon et aux Etats-Unis (dans le Connecticut et en Californie) montrent que le coronavirus SARS-CoV-2 est détectable dans les prélèvements buccaux pendant plusieurs semaines après l’apparition des symptômes. La sensibilité de détection est la même qu’avec les prélèvements nasopharyngés puisque la même technique de PCR est utilisée. Le coronavirus reste souvent 4-5 semaines dans la salive, plus longtemps que ce qui est typiquement trouvé dans l’écouvillon nasal.

En pratique, les prélèvements buccaux se font de plusieurs façons:

Les crachats semblent les plus fiables pour détecter le SARS-CoV-2, mais des études comparatives systématiques restent à faire. Vu que le SARS-CoV-2 réside dans les voies aériennes, le crachat salivaire permettrait de récolter des fluides buccaux et bronchiques dans le même prélèvement, et ainsi d’augmenter les chances de détection du coronavirus.

Les prélèvements buccaux ont des avantages pratiques par rapport aux prélèvements nasopharyngés :

(1) Il est très facile de prélever de la salive ou des crachats. Ce prélèvement peut être confié aux personnes testées, y compris des enfants, sans exposer d’autres personnes au coronavirus. Au contraire le prélèvement nasopharyngé est délicat et invasif, il peut provoquer douleur ou gène. Il entraîne souvent éternuement ou toux, ce qui expose celui/celle qui prélève à un risque de contamination important, et l’oblige à se protéger. Il est difficile de proposer le prélèvement nasopharyngé à plusieurs reprises.

(2) le prélèvement salivaire ne demande pas de matériel spécifique. Le matériel des prélèvements nasopharyngés (écouvillons) et de protection du préleveur (blouse, masque FFP2, gants, charlotte) est un facteur limitant pour réaliser les tests à grande échelle.


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Sources

Un grand nombre de particules virales est trouvé dans la salive prélevée par les malades eux-mêmes, à Hong-Kong. Ce nombre baisse au cours de la maladie, puis s’annule 8-10 jours après les premiers symptômes. Sur 23 patients, 3 ont été trouvés négatifs dans la salive. Dans cette étude le test PCR est un test maison et la salive récoltée le matin après s’être raclé la gorge et avoir toussé.

To, K. K. W., Tsang, O. T. Y., Yip, C. C. Y., Chan, K. H., Wu, T. C., Chan, J. M. C., ... & Lung, D. C. (2020). Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva. Clinical Infectious Diseases.

A Melbourne, sur 622 patients 39 étaient positifs sur prélèvements nasopharyngés (PNP) et 33 des 39 étaient aussi positifs sur la salive. On note que parmi 50 PNP négatifs, un était positif dans la salive. Dans cette étude, les patients ont gardé leur salive 1 à 2 min puis ont craché 1 à 2 mL. on a détecté le virus SARS-Cov-2 dans la salive de 85% des patients positifs par le test PNP. La quantité d’ARNs détectés était moins grand dans la salive que dans le prélèvement nasal. Cependant on ne peut pas comparer directement les résultats de PCR qui ne sont pas faits exactement de la même façon. En particulier, la salive doit être au préalable diluée dans un tampon de fluidification avant l’extraction de l’ARN viral. Et dans la plupart des études comme celle-ci les auteurs ne normalisent pas leur résultats avec un contrôle de prélèvement (un gène humain quantifié par PCR qui permet de connaître la quantité de cellules humaines récoltées dans le prélèvement).

Williams, E., Bond, K., Zhang, B., Putland, M., & Williamson, D. A. (2020). Saliva as a non-invasive specimen for detection of SARS-CoV-2. Journal of Clinical Microbiology

Cet article illustre de manière quantitative que les mesures sur la salive sont plus sensibles que les PNP. Chez 44 patients hospitalisés à Yale (Connecticut), ces auteurs trouvent cinq fois plus de virus dans la salive que dans le PNP, et pour 20% des patients le virus est détecté dans la salive mais pas dans le PNP, l’inverse étant vrai pour 8% des cas. De plus les prélèvements successifs de la salive d’un même patient donnent des résultats reproductibles, ce qui est moins vrai des PNP. Enfin, l’ARN viral a été détecté dans des prélèvements de salive fait par des soignants sur eux-mêmes (2 sur 98), pas dans les auto-PNP des mêmes soignants.

Wyllie, A. L., Fournier, J., Casanovas-Massana, A., Campbell, M., Tokuyama, M., Vijayakumar, P., ... & Petrone, M. E. (2020). Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs. medRxiv.

La salive de 25 patients gravement malades du Covid-19 de l’Unité de Soins Intensifs de Varese (Italie) contenait un grand nombre de copies du virus SARS-Cov-2. Dans cette étude, la salive a été récupérée grâce à une pipette placée dans la bouche du patient. Pour deux des patients la salive était positive, mais pas le PNP, qui semble donc un test moins sensible. Une étude récente de ce groupe italien confirme deux autres patients positifs sur la salive mais négatifs sur le PNP.

Azzi, L., Carcano, G., Gianfagna, F., Grossi, P., Dalla Gasperina, D., Genoni, A., ... & Maurino, V. (2020). Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV-2. Journal of Infection.

La sensibilité et la spécificité du test RT-PCR sur la salive étaient 84% et 99% respectivement, en prenant le test PNP comme référence, sur 200 patients d’un hôpital de Bangkok. Dans cette étude, le prélèvement buccal est récupéré après toux forcée.

Pasomsub, E., Watcharananan, S. P., Boonyawat, K., Janchompoo, P., Wongtabtim, G., Suksuwan, W., ... & Phuphuakrat, A. (2020). Saliva sample as a non-invasive specimen for the diagnosis of coronavirus disease-2019 (COVID-19): a cross-sectional study. Clinical Microbiology and Infection.

Dans un groupe de patients (88) et de convalescents non-hospitalisés (24) de Californie, la sensibilité du test salivaire a été comparée à celle du test PNP. Sur les 88 patients, 98% étaient positifs sur le PNP et 69% sur la salive. Sur les 24 convalescents, 4 étaient positifs sur la salive et le PNP, 5 étaient positifs sur le PNP mais négatifs sur la salive et 1 l’inverse. Les limites de cette étude incluent l'absence de données cliniques sur les patients, le fait que les tests aient été réalisés sur 3 sites et que la salive ait été collectée à partir de deux kits différents. Lu, J., Becker, D., Sandoval, E., Amin, A., De Hoff, P., Leonetti, N., ... & Grzymski, J. (2020). Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting. medRxiv.

Lu, J., Becker, D., Sandoval, E., Amin, A., De Hoff, P., Leonetti, N., ... & Grzymski, J. (2020). Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting. medRxiv.

Chez 76 sujets (10 patients et 66 suspects, la salive a été récoltée dans un tube et le virus détecté par PCR. 8 des 10 patients ont été positifs sur le PNP et la salive, 1 positif sur le PNP et négatif sur la salive et le dernier l’inverse.

Iwasaki, S., Fujisawa, S., Nakakubo, S., Kamada, K., Yamashita, Y., Fukumoto, T., ... & Hayasaka, K. (2020). Comparison of SARS-CoV-2 detection in nasopharyngeal swab and saliva. medRxiv.

Une méta analyse d’une dizaine d’articles sur la détection de SARS-Cov-2 dans la salive, mettant en évidence la difficulté de comparaison compte tenu des variations dans les méthodes d’extraction, de PCR avec l’utilisation de kits variés et la qualité des prélèvements: soit salive, crachat ou prélèvements oropharyngés.

Santosh, T. S., Parmar, R., Anand, H., Srikanth, K., & Saritha, M. (2020). A review of salivary diagnostics and its potential implication in detection of Covid-19. Cureus, 12(4).

La start-up CURATIVE à Los Angeles a reçu l’agrément de la Food and Drug Administration (FDA) pour des tests en 24h sur des fluides buccaux, visant un million de tests par semaine. Ce test devrait aussi être utilisé en Grande-Bretagne. La Food and Drug Administration (FDA) avait déjà autorisé le premier test du SARS-CoV-2 réalisé sur des échantillons de salive développé par l’université de Rutgers dans le New Jersey. Un kit dédié est envoyé au patient qui crache plusieurs fois puis le renvoie sous 48h à Rutgers Clinical Genomics Laboratory qui réalise ensuite les PCRs.

Start-up Curative.

En France, le consortium SKILLCELL, le laboratoire CNRS SYS2DIAG et la société VOGO annoncent l’industrialisation d’EasyCov, un test salivaire de dépistage pour une commercialisation en France et en Europe courant juin. En moins d’une heure ! Le test s’effectue sur de la salive mixée avec des réactifs et incubés à 65°C pendant 30 min.

SKILLCELL

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