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Quel prélèvement pour dépister la COVID-19 : nasopharyngé ou buccal ?

Texte mis à jour le 2020-06-03


Les prélèvements buccaux sont préférerables car il permettent un prélèvement autonome, sont plus faciles et moins dangeureux en terme de contamination. Les Etats-Unis, le Japon, la Suisse, l’Australie, l' Italie et le Royaume Uni les utilisent.

Bien que le prélèvement nasopharyngé constitue le test de référence depuis le début de l’épidémie, de nombreux pays tirent profit des prélèvements buccaux, qui comportent moins de risques pour le préleveur et ne requièrent pas d’équipements de protection individuelle.

De nombreuses études, effectuées en Italie, en Australie, à Hong-Kong, à Bangkok, au Japon et aux Etats-Unis (dans le Connecticut et en Californie) montrent que le coronavirus SARS-CoV-2 est détectable dans les prélèvements buccaux pendant plusieurs semaines après l’apparition des symptômes ainsi que dans la salive de cas asymptomatiques. Après fluidification et extraction de l’ARN viral, la sensibilité de détection est aussi bonne qu’avec les prélèvements nasopharyngés puisque la charge virale est importante et que la même technique de PCR est utilisée. Il est recommandé que le patient soit ajeun pendant 2 heures avant le prélèvement. Dans ces conditions, le coronavirus reste typiquement souvent 4-5 semaines dans la salive, plus longtemps que ce qui est typiquement trouvé dans l’écouvillon nasal. 

En pratique, les prélèvements buccaux se font de plusieurs façons: 

Les crachats semblent les plus fiables pour détecter le SARS-CoV-2, mais des études comparatives systématiques restent à faire. Vu que le SARS-CoV-2 réside dans les voies aériennes, le crachat salivaire permettrait de récolter des fluides buccaux et bronchiques dans le même prélèvement, et ainsi d’augmenter les chances de détection du coronavirus.

Les prélèvements buccaux ont des avantages pratiques par rapport aux prélèvements nasopharyngés :

(1) Il est très facile de prélever de la salive ou des crachats. Ce prélèvement peut être confié aux personnes testées, y compris des enfants, sans exposer d’autres personnes au coronavirus. Au contraire, le prélèvement nasopharyngé est délicat et invasif, il peut provoquer douleur ou gène. Il entraîne souvent éternuement ou toux, ce qui expose celui/celle qui prélève à un risque de contamination important, et l’oblige à se protéger. Il est difficile de proposer le prélèvement nasopharyngé à plusieurs reprises.

(2) le prélèvement salivaire ne demande pas de matériel spécifique. Le matériel des prélèvements nasopharyngés (écouvillons) et de protection du préleveur (blouse, masque FFP2, gants, charlotte) est un facteur limitant pour réaliser les tests à grande échelle. 


Plusieurs études récentes de qualité montrent que la charge virale est aussi importante dans la salive que le prélèvement nasopharyngé entre les cas asymptomatiques et symptomatiques, et que la détection chez les asymptomatiques est aussi bonne dans la salive que l’écouvillon nasal. Pour un test de dépistage facile, sans danger de contamination et moins invasif : optons pour la salive!


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Sources

Un grand nombre de particules virales est trouvé dans la salive prélevée par les malades eux-mêmes, à Hong-Kong. Ce nombre baisse au cours de la maladie, puis s’annule 8-10 jours après les premiers symptômes. Sur 23 patients, 3 ont été trouvés négatifs dans la salive. Dans cette étude le test PCR est un test maison et la salive récoltée le matin après s’être raclé la gorge et avoir toussé.

To, K. K. W., Tsang, O. T. Y., Yip, C. C. Y., Chan, K. H., Wu, T. C., Chan, J. M. C., ... & Lung, D. C. (2020). Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva. Clinical Infectious Diseases.

A Melbourne, sur 622 patients 39 étaient positifs sur prélèvements nasopharyngés (PNP) et 33 des 39 étaient aussi positifs sur la salive. On note que parmi 50 PNP négatifs, un était positif dans la salive. Dans cette étude, les patients ont gardé leur salive 1 à 2 min puis ont craché 1 à 2 mL. on a détecté le virus SARS-Cov-2 dans la salive de 85% des patients positifs par le test PNP. La quantité d’ARNs détectés était moins grand dans la salive que dans le prélèvement nasal. Cependant on ne peut pas comparer directement les résultats de PCR qui ne sont pas faits exactement de la même façon. En particulier, la salive doit être au préalable diluée dans un tampon de fluidification avant l’extraction de l’ARN viral. Et dans la plupart des études comme celle-ci les auteurs ne normalisent pas leur résultats avec un contrôle de prélèvement (un gène humain quantifié par PCR qui permet de connaître la quantité de cellules humaines récoltées dans le prélèvement).

Williams, E., Bond, K., Zhang, B., Putland, M., & Williamson, D. A. (2020). Saliva as a non-invasive specimen for detection of SARS-CoV-2. Journal of Clinical Microbiology

La salive de 25 patients gravement malades du Covid-19 de l’Unité de Soins Intensifs de Varese (Italie) contenait un grand nombre de copies du virus SARS-Cov-2. Dans cette étude, la salive a été récupérée grâce à une pipette placée dans la bouche du patient. Pour deux des patients la salive était positive, mais pas le PNP, qui semble donc un test moins sensible. Une étude récente de ce groupe italien confirme deux autres patients positifs sur la salive mais négatifs sur le PNP.

Azzi, L., Carcano, G., Gianfagna, F., Grossi, P., Dalla Gasperina, D., Genoni, A., ... & Maurino, V. (2020). Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV-2. Journal of Infection.

La sensibilité et la spécificité du test RT-PCR sur la salive étaient 84% et 99% respectivement, en prenant le test PNP comme référence, sur 200 patients d’un hôpital de Bangkok. Dans cette étude, le prélèvement buccal est récupéré après toux forcée.

Pasomsub, E., Watcharananan, S. P., Boonyawat, K., Janchompoo, P., Wongtabtim, G., Suksuwan, W., ... & Phuphuakrat, A. (2020). Saliva sample as a non-invasive specimen for the diagnosis of coronavirus disease-2019 (COVID-19): a cross-sectional study. Clinical Microbiology and Infection.

Dans un groupe de patients (88) et de convalescents non-hospitalisés (24) de Californie, la sensibilité du test salivaire a été comparée à celle du test PNP. Sur les 88 patients, 98% étaient positifs sur le PNP et 69% sur la salive. Sur les 24 convalescents, 4 étaient positifs sur la salive et le PNP, 5 étaient positifs sur le PNP mais négatifs sur la salive et 1 l’inverse. Les limites de cette étude incluent l'absence de données cliniques sur les patients, le fait que les tests aient été réalisés sur 3 sites et que la salive ait été collectée à partir de deux kits différents. Lu, J., Becker, D., Sandoval, E., Amin, A., De Hoff, P., Leonetti, N., ... & Grzymski, J. (2020). Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting. medRxiv.

Lu, J., Becker, D., Sandoval, E., Amin, A., De Hoff, P., Leonetti, N., ... & Grzymski, J. (2020). Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting. medRxiv.

Chez 76 sujets (10 patients et 66 suspects, la salive a été récoltée dans un tube et le virus détecté par PCR. 8 des 10 patients ont été positifs sur le PNP et la salive, 1 positif sur le PNP et négatif sur la salive et le dernier l’inverse.

Iwasaki, S., Fujisawa, S., Nakakubo, S., Kamada, K., Yamashita, Y., Fukumoto, T., ... & Hayasaka, K. (2020). Comparison of SARS-CoV-2 detection in nasopharyngeal swab and saliva. medRxiv.

Une méta analyse d’une dizaine d’articles sur la détection de SARS-Cov-2 dans la salive, mettant en évidence la difficulté de comparaison compte tenu des variations dans les méthodes d’extraction, de PCR avec l’utilisation de kits variés et la qualité des prélèvements: soit salive, crachat ou prélèvements oropharyngés.

Santosh, T. S., Parmar, R., Anand, H., Srikanth, K., & Saritha, M. (2020). A review of salivary diagnostics and its potential implication in detection of Covid-19. Cureus, 12(4).

La start-up CURATIVE à Los Angeles a reçu l’agrément de la Food and Drug Administration (FDA) pour des tests en 24h sur des fluides buccaux, visant un million de tests par semaine. Ce test devrait aussi être utilisé en Grande-Bretagne. La Food and Drug Administration (FDA) avait déjà autorisé le premier test du SARS-CoV-2 réalisé sur des échantillons de salive développé par l’université de Rutgers dans le New Jersey. Un kit dédié est envoyé au patient qui crache plusieurs fois puis le renvoie sous 48h à Rutgers Clinical Genomics Laboratory qui réalise ensuite les PCRs.

Start-up Curative.

En France, le consortium SKILLCELL, le laboratoire CNRS SYS2DIAG et la société VOGO annoncent l’industrialisation d’EasyCov, un test salivaire de dépistage pour une commercialisation en France et en Europe courant juin. En moins d’une heure ! Le test s’effectue sur de la salive mixée avec des réactifs et incubés à 65°C pendant 30 min.

L’Helgouach, N, Champigneux, P, Santos Schneider, F, Molina, L, Espeut, J, Alali, M, Baptiste, J, Cardeur, L, Dubuc, B, Foulongne, V, Galtier, F, Makinson, A, Marin, G, Picot, MC, Prieux‐Lejeune, A, Quenot, M, Robles, FC, Salvetat, N, Vetter, D, Reynes, J, Molina, F. EasyCOV : LAMP based rapid detection of SARS‐CoV‐2 in saliva.

Cette étude reporte la comparaison des prélèvements salivaires et nasopharyngés sur 145 échantillons simultanément collectionnés le jour du diagnostic, puis 2 et 7 jours après. Sur 145, 19 échantillons étaient positifs pour la salive et 19 pour le nasopharyngé. Sur ces prélèvements COVID-19, salive apparaît comme une mucus très facile à prélever par soi-même et au moins aussi sensible que l'échantillon nasopharyngé pour la détection de SARS-CoV-2.

Byrne, RL, Kay, GA, Kontogianni, K, Brown, L, Collins, AM, Cuevas, LE, Ferreira, D, Fraser, AJ, Garrod, G, Hill, H, Menzies, S, Mitsi, E, Owen, SI, Williams, CT, Hyder-Wright, A, Adams, ER, Cubas-Atienzar, AI. Saliva offers a sensitive, specific and non-invasive alternative to upper respiratory swabs for SARS-CoV-2 diagnosis. MedRxiv, July 11 2020.

Une des premières études publiées par les groupes de la Charité en Allemagne montre que les résultats sur PNP et crachats sont très similaires (les 7 patients sont suivis au cours du temps après l’apparition des symptômes). Notez que le virus reste dans les crachats après la fin des symptômes, et que le coronavirus n’a pas été trouvé infectieux dans les selles. La détection du virus dans les sécrétions salivaires et respiratoires peut durer plus longtemps que les symptômes:

Wölfel, R, Corman, VM, Guggemos, W, Seilmaier, M, Zange, S, Müller, MA, Niemeyer, D, Jones, TC, Vollmar, P, Rothe, C, Hoelscher, M, Bleicker, T, Brünink, S, Schneider, J, Ehmann, R, Zwirglmaier, K, Drosten, C, & Wendtner, C. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature volume 581, pages 465–469 (2020).

Une méta analyse d’une dizaine d’articles sur la détection de SARS-CoV-2 dans la salive, mettant en évidence la difficulté de comparaison compte tenu des variations dans les méthodes d’extraction, de PCR avec l’utilisation de kits variés et la qualité des prélèvements: soit salive, crachat ou prélèvements oropharyngés.

Santosh, T. S., Parmar, R., Anand, H., Srikanth, K., & Saritha, M. (2020). A review of salivary diagnostics and its potential implication in detection of Covid-19. Cureus, 12(4).

La start-up CURATIVE à Los Angeles a reçu l’agrément de la Food and Drug Administration (FDA) pour des tests en 24h sur des fluides buccaux, visant un million de tests par semaine. Ce test devrait aussi être utilisé en Grande-Bretagne. La Food and Drug Administration (FDA) avait déjà autorisé le premier test du SARS-CoV-2 réalisé sur des échantillons de salive développé par l’université de Rutgers dans le New Jersey.

Un kit dédié est envoyé au patient qui crache plusieurs fois puis le renvoie sous 48h à Rutgers Clinical Genomics Laboratory qui réalise ensuite les PCRs.

Le kit de détection EasyCOV utilisant la RT-LAMP après prétraitement préalable de la salive permet de détecter le SARS-CoV-2 en 40 min avec une sensibilité de 87.5% d’après leur première étude réalisée sur 220 personnes.

Au total, 720 personnes devraient être intégrées d’ici la fin de l’étude.

Des chercheurs de l’université de Yale montrent que les tests sur la salive sont plus sensibles que ceux réalisés sur des échantillons nasopharyngés (n = 70 patients COVID):

Wyllie, A. L., Fournier, J., Casanovas-Massana, A., Campbell, M., Tokuyama, M., Vijayakumar, P., ... & Petrone, M. E. (2020). Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs. New England Journal of Exp. Medecine, Sept 24 2020, 383: 1283-1286.

Le virus est stable dans la salive plus d’une semaine à température ambiante, plus de 2 semaines à 4°C et des mois au congélateur à -80°C. Ces observations suggèrent qu’un système de collecte simple et peu coûteux est possible :

Ott, IM, Strine, MS, Watkins, AE, Boot, M, Kalinich, CC, Harden, CA, Vogels, CBF, Casanovas-Massana, A, Moore, AJ, Muenker, MC, Nakahata, M, Tokuyama, M, Nelson, A, Fournier, J, Bermejo, S, Campbell, M, Datta, R, Dela Cruz, CS, Farhadian, SF, Ko, AI, Iwasaki, A, Grubaugh, ND, Wilen, CB, Wyllie, AL. Simply saliva: stability of SARS-CoV-2 detection negates the need for expensive collection devices.

L’étude française COVISAL menée dans la forêt amazonienne en Guyane sur le terrain dans des conditions mal expliquées révèle des variations entre les groupes prélevés dans des conditions de laboratoires (Yale University, Hokkaido University) et sur le terrain. Cette étude à partir de 25 cas asymptomatiques contredit plusieurs études internationales. Néanmoins, elle a conduit la Haute Autorité de Santé fin septembre 2020 à ne réaliser les tests salivaires que sur les personnes ayant des symptômes.

Nacher, M, Mergeay-Fabre, M, Blanchet, D, Benois, O, Pozl, T, Mesphoule, P, Sainte-Rose, V, Vialette, V, Toulet, B, Moua, A, Simon, S, Guidarelli, M, Galindo, M, Biche, B, Faurous, W, Abad, F, Fahrasmane, A, Rochemont, D, Vignier, N, Vabret, A, Demar, M. COVISAL Guyane, Nacher, M, Demar, M. Prospective comparison of saliva and nasopharyngeal swab sampling for mass screening for COVID-19.

Regrouper les échantillons au sein d'une maisonnée pourrait permettre d'optimiser la détection des foyers infectés au sein de la population :

Hogan, C. A., Sahoo, M. K., & Pinsky, B. A. (2020). Sample Pooling as a Strategy to Detect Community Transmission of SARS-CoV-2. JAMA.

Une étude récente japonaise montre avec 55 cas COVID asymptomatiques que la salive constitue un mode de prélèvement très performant pour détecter SARS-CoV-2 y compris chez des patients asymptomatiques :

92% de sensibilité pour le prélèvement salivaire alors que 86% pour le prélèvement nasopharyngé, avec une probabilité de concordance de 99.8%. Les tests ont été réalisés sur plus de 1950 personnes cas contact ou à l’arrivée aux aéroports : Yokota, I, Shane, P, Okada, K, Unoki, Y, Yang Y, Tasuku, I, Sakamaki, K, Iwasaki, S, Hayasaka, K, Sugita, J, Nishida, M, Fujisawa, S, Teshima, T. (2020). Mass screening of asymptomatic persons for SARS-CoV-2 using saliva. 10.1101/2020.08.13.20174078.

Une étude japonaise sur 103 cas positifs comparant différents systèmes de RT-qPCR et un système de RT-LAMP conclut à une meilleure sensibilité de la RT-qPCR. Noter que dans cette étude il n’y a pas eu de prétraitement de la salive avant le RT-LAMP, ce qui pourrait affecter les résultats obtenus.

Ikeda, M, Imai, K, & Tabata, S, Miyoshi, K, Mizuno, T, Murahara, N, Horiuchi, M, Kato, K, Imoto, Y, Iwata, M, Mimura, S, Ito, T & Tamura, K, Kato, Y. (2020). Clinical evaluation of self-collected saliva by RT-qPCR, direct RT-qPCR, RT-LAMP, and a rapid antigen test to diagnose COVID-19. 10.1101/2020.06.06.20124123.

Tests groupés de 5 à 20 dans des échantillons salivaires par l’équipe de l’université de Yale également à l’origine du test SalivaDirect :

Watkins, A. E., Fenichel, E. P., Weinberger, D. M., Vogels, C. B., Brackney, D. E., Casanovas-Massana, A., ... & Cruz, C. S. D. (2020). Pooling saliva to increase SARS-CoV-2 testing capacity. medRxiv.

L'université d'Urbana Champaign a mis au point les tests salivaires avec poolage pour tout son personnel depuis l'été 2020 et a réalisé plus de 800 000 tests sur salive avec RT-qPCR au 14 novembre 2020. Si un pool est positif, le test PCR est fait pour chaque personne du pool.

Ranoa, DR, Holland, RL, Alnaji, FG, Green, KJ, Wang, L, Brooke, CB, Burke, MD, Fan, TM, Hergenrother, PJ. Saliva-Based Molecular Testing for SARS-CoV-2 that Bypasses RNA Extraction. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.18.159434v1

Un programme de surveillance du campus de Duke aux Etats-Unis a découvert en testant les étudiants avec leur salive plusieurs cas COVID-19 dont 50 % était asymptomatiques avec parfois de grande charge virale.

Denny TN, Andrews L, Bonsignori M, et al. Implementation of a Pooled Surveillance Testing Program for Asymptomatic SARS-CoV-2 Infections on a College Campus — Duke University, Durham, North Carolina, August 2–October 11, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 17 November 2020. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm6946e1external icon

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