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Quels sont les variants du coronavirus SARS-CoV-2 qui ont attiré l’attention ?

Texte mis à jour le 2021-01-14


Variant VoC 202012/01, appelé aussi B1.1.7 ou variant britannique : voir la question Que sait-on du variant britannique ?.

La mutation D614G qui est à l’origine de la lignée B.1

D614G est la mutation du SARS-CoV-2 qui est la plus répandue en Europe (sauf en Islande). Cette mutation affecte la protéine Spike et semble accroître l’affinité de la protéine Spike aux récepteurs ACE2. Ce variant est différent de la séquence d’origine du coronavirus identifiée à Wuhan, en Chine en décembre 2019. Il semble être apparu en Chine, puis s’est propagé en Italie en janvier 2020 et dans tout le reste de l’Europe, aux USA, au Canada et en Australie. En janvier 2021, ce variant est devenu la forme dominante du coronavirus, la forme pandémique. Cette mutation décrite en avril 2020 a fait couler beaucoup d’encre dans la presse sur son effet potentiel dans l’augmentation de la transmissibilité du variant par rapport à la forme d’origine. A ce jour, on ne connaît pas avec certitude la cause de la propagation de ce variant qui est probablement un mélange du hasard et de la sélection naturelle.

Le variant Cluster 5

Ce variant a été détecté en novembre 2020 au Danemark. Il contient 4 mutations qui affectent la protéine Spike, dont les mutations Y453F et 69-70del. Ce variant a été identifié sur des visons qui ont ensuite infecté des humains qui travaillaient dans les fermes à visons. La découverte de ce variant a entrainé l’euthanasie de tous les visons danois par crainte que ce variant ne rende les vaccins en cours développement inefficaces et pour éviter que les visons ne constituent un réservoir potentiel à variants.

Le 501v2 ou lignée B.1.351

Ce variant aurait émergé en août 2020, en Afrique du Sud au sud-est du pays avant de s’étendre vers Le Cap, vers l’ouest ainsi que vers le nord en direction de Durban. Ce variant a 8 mutations affectant la protéine Spike, dont E484K, K417N et N501Y qui sont à des points-clefs de la protéine. Ces mutations pourraient augmenter la transmissibilité et réduire la réponse immunitaire induite par les vaccins.

Comment limiter la propagation de variants plus transmissibles ?

Pour ralentir la propagation de la COVID-19 et pour limiter la transmission de variants qui peuvent être encore plus transmissibles, il est très important que chacun soit extrêmement vigilant. Il faut porter un masque bien filtrant et bien ajusté sur le visage (voir la question Pourquoi mettre un masque? et la question Masque chirurgical ou masque en tissu : lequel choisir ?). Il faut respecter les distances de sécurité, se laver les mains régulièrement, aérer le plus souvent possible les locaux avec de l’air extérieur et bien sûr éviter la foule.


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Sources

Cette étude retrace la propagation du variant qui est à l’origine de la lignée B.1 avec la mutation D614G qui modifie la protéine Spike. Cette mutation a été détectée initialement en Chine et en Allemagne fin janvier 2020. En mars 2020, la forme mutée (le variant B.1) et la forme non mutée étaient présentes en Europe. En avril 2020, le variant B.1 était devenu dominant en Europe et présent dans 78% des génomes de SARS-CoV-2 séquencés. L’apparition du variant a eu lieu de façon non synchrone dans différentes régions du monde en commençant en Europe (sauf l’Islande), puis en Amérique du Nord, Océanie et enfin en Asie. L’étude de 999 patients (dont 756 porteurs du variant) au Royaume Uni a montré que le variant était associé à des charges virales plus importantes mais n’avait pas d’effet sur la sévérité de la COVID-19. Pour examiner si ce variant était plus transmissible, les auteurs ont créé des pseudovirus présentant la protéine Spike avec ou sans la mutation D614G. Ils ont montré que le pseudovirus qui contenait la mutation était associé à une plus grande infectiosité.

Korber, B., Fischer, W. M., Gnanakaran, S., Yoon, H., Theiler, J., Abfalterer, W., ... & Montefiori, D. C. (2020). Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell, 182(4), 812-827.

Étude de la propagation et de la prévalence au Royaume-Uni du variant de SARS-CoV-2 avec la mutation D614G sur plus de 25 000 génomes séquencés. Les résultats ne permettent pas de conclure sur les mécanismes responsables de la propagation du variant : avantage sélectif ou effet du hasard. Les chercheurs n'ont trouvé aucune différence clinique, ni sur la sévérité de la maladie ni sur le taux de mortalité, entre les personnes infectées par l'un ou l'autre forme du coronavirus. Le variant D614G est associé à une charge virale plus élevée et un âge moins élevé des patients que la forme non mutée.

Volz, E., Hill, V., McCrone, J. T., Price, A., Jorgensen, D., O’Toole, Á., ... & Allan, J. (2020). Evaluating the effects of SARS-CoV-2 Spike mutation D614G on transmissibility and pathogenicity. Cell.

Les hamsters infectés par le virus SARS-CoV-2 portant la mutation D614G produisent des titres infectieux plus élevés dans les lavages nasaux et la trachée, mais pas dans les poumons, ce qui corrobore les preuves cliniques montrant que la mutation augmente les charges virales dans les voies respiratoires supérieures des patients atteints de COVID-19 et peut accroître la transmission.

Plante, J. A., Liu, Y., Liu, J., Xia, H., Johnson, B. A., Lokugamage, K. G., ... & Shi, P. Y. (2020). Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness. Nature, 1-6.

La prévalence globale du D614G est associée à la prévalence de la perte d'odorat (anosmie) comme symptôme de la COVID-19.

Butowt, R., Bilinska, K., & Von Bartheld, C. S. (2020). Chemosensory dysfunction in COVID-19: Integration of genetic and epidemiological data points to D614G Spike protein variant as a contributing factor. ACS chemical neuroscience, 11(20), 3180-3184.

Des analyses préliminaires suggèrent que le variant du SARS-CoV-2 isolé sur le vison au Danemark, le variant Cluster 5, pouvait être moins facilement neutralisé par les anticorps produits par des patients précédemment infectés par le coronavirus SARS-CoV-2 sans ces mutations. En effet, deux des mutations du variant Cluster 5 (69-70del et Y453F) localisées sur la protéine Spike pourraient rendre plus difficile la fixation des anticorps sur le coronavirus et permettre au coronavirus d'échapper au système immunitaire. L'effet était faible et observé sur un petit effectif. Mais il a suscité une inquiétude généralisée dans les médias, suggérant que les vaccins en cours de développement pourraient perdre en efficacité avec ce variant.

Lassaunière R, Fonager J, Rasmussen M et al. (2020) SARS-CoV-2 Spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans

Cette étude décrit le variant 501Y.V2 détecté en Afrique du Sud et séquencé le 14 décembre 2020. Analyse des données acquises en surveillance de routine jusqu’au 14 décembre 2020 (nombre de patients, nombre de décès, etc) et de 2589 génomes de SARS-CoV-2 collectés entre le 5 mars et le 25 novembre 2020. Les analyses suggèrent que le variant est apparu en août 2020 puis s’est diffusé. Entre le 15 octobre et le 25 novembre, 190 séquences contenant le variant 501Y.V2 ont été détectées, ce variant étant devenu la lignée la plus répandue dans les provinces à l’est et l’ouest du Cap.

Tegally, H., Wilkinson, E., Giovanetti, M., Iranzadeh, A., Fonseca, V., Giandhari, J., ... & de Oliveira, T. (2020). Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple Spike mutations in South Africa. medRxiv.

Pour aller plus loin

Qu’est-ce qu’une mutation pour le coronavirus SARS-CoV-2 ?

Qu’est-ce qu’un variant du coronavirus SARS-CoV-2 ?

Comment un variant du coronavirus SARS-CoV-2 se répand-il ?

Que sait-on du variant britannique ?

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