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Qu’est-ce qu’un variant du coronavirus SARS-CoV-2 ?

Texte mis à jour le 2021-01-14


Un variant du coronavirus est une souche virale caractérisée par la présence de certaines séquences particulières au sein de son matériel génétique. Quand un nouveau variant devient prépondérant, les chercheurs lui donnent généralement un nom pour le désigner.

Le variant est un terme utilisé pour décrire une forme du SARS-CoV-2 qui a une ou plusieurs lettres particulières à certaines positions dans la séquence de son génome et qui est différente de la forme initiale mais qui ne l’est pas suffisamment pour qu’on puisse parler d’un autre coronavirus. Au début de l’épidémie en décembre 2019, il y avait très peu de variants du coronavirus SARS-CoV-2 : les génomes prélevés sur les premiers patients à Wuhan étaient tous identiques à quelques lettres près. (Voir la question Qu’est-ce qu’une mutation pour le coronavirus SARS-CoV-2 ?). Il existe aujourd’hui plusieurs milliers de variants de SARS-CoV-2 qui peuvent être regroupés en lignées de mutations. Certains variants sont plus répandus que d’autres. Des systèmes de nomenclature ont été proposés pour nommer ces lignées.

Comment détecte t-on les différents variants ?

Pour détecter les variants, il faut séquencer les coronavirus prélevés sur des patients atteints de la COVID-19, c’est-à-dire identifier la suite de lettres particulière de leur génome, puis comparer les séquences des génomes entre elles afin de reconstituer dans quel ordre et à quel moment les mutations sont apparues (Voir la question sur les variants notables, Quels sont les variants du coronavirus SARS-CoV-2 qui ont attiré l’attention ?). Attention à l’effet de loupe : selon les pays, le séquençage est fait de manière différente. Certains pays comme le Royaume Uni ou le Danemark séquencent les prélèvements de près de 10% des patients infectés, et donc sont plus à même de découvrir des variants que d’autres pays comme la France qui utilisent très peu le séquençage (seulement 0,1 % des prélèvements sont séquencés en France) (Voir la question sur le Variant VoC 202012/01, appelé aussi B1.1.7, Que sait-on du variant britannique ?). La découverte d’un variant dépend donc de la présence du variant mais aussi de sa recherche !


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Sources

Au début de l’épidémie en décembre 2019, les génomes prélevés sur les premiers patients à Wuhan étaient tous identiques à quelques lettres près. En avril 2020, on trouvait en moyenne 9,6 mutations entre deux génomes de coronavirus SARS-CoV-2 pris au hasard parmi tous ceux qui étaient disponibles. Cela montre que l’épidémie a commencé à partir d’un virus initial correspondant à une seule séquence puis que des mutations se sont accumulées au fil du temps dans les différentes branches.

van Dorp, L., Acman, M., Richard, D., Shaw, L. P., Ford, C. E., Ormond, L., ... & Balloux, F. (2020). Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution, 104351.

L’analyse en juillet 2020 de 10 022 génomes de SARS-CoV-2 issus de patients provenant de 68 pays a permis d’identifier 5775 variants. Les trois variants les plus courants étaient : 3037C > T (mutation synonyme, c’est-à-dire qui ne change pas la protéine, 6334 échantillons), P4715L (mutation qui change la protéine 1ab, 6319 échantillons) et D614G (mutation qui affecte la protéine Spike, 6294 échantillons). Six clades majeurs ont été identifiés : le clade basal à l’origine des premiers cas détectés de COVID-19, D614G, L84S, L3606F, D448del et G392D. Un clade est un groupe de variants. On parle aussi de lignée pour décrire un groupe de variants. Le clade D614G est devenu le variant le plus commun depuis décembre 2019.

Koyama, T., Platt, D., & Parida, L. (2020). Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes. Bulletin of the World Health Organization, 98(7), 495.

Les pays qui ont publié le plus de séquences de SARS-CoV-2 sont le Royaume-Uni (38.9% des séquences totales) et les Etats-Unis (22.7% de la totalité des séquences).

Furuse, Y. (2020). Genomic Sequencing Effort for SARS-CoV-2 by Country during the Pandemic. International Journal of Infectious Diseases.

Pour aller plus loin

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