< Animaux

Coronavirus et animaux : quels risques de contamination et transmission de la COVID-19 selon les espèces ?

Texte mis à jour le 2020-09-02


Certaines espèces animales, domestiques ou sauvages, sont plus à risque que d’autres d’attraper le coronavirus SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19. Des données expérimentales et en conditions naturelles permettent aujourd’hui d’établir une échelle de risque pour une quinzaine d’espèces.

Au début de l’épidémie COVID-19, les autorités chinoises ont insisté sur les risques de contamination des humains par les animaux sauvages, en indiquant que les premiers patients atteints de la COVID-19 étaient observés autour du marché aux animaux de Wuhan. D’autres pays comme la France se sont focalisés sur les risques de contamination interhumaine. Que sait-on aujourd’hui sur la transmission animal-vers-humain du coronavirus SARS-CoV-2, avec quelques mois de recul ?

Dans les conditions expérimentales de laboratoire, il a été montré que le coronavirus SARS-CoV-2 prélevé sur des humains ne peut pas infecter les cochons, les poulets ni les canards mais qu’il peut infecter les chats, les chiens, les hamsters, les furets, les musaraignes arboricoles, les chauves-souris et les primates non humains, et être détecté dans leurs voies respiratoires. Des symptômes légers ou modérés ont été observés chez seulement une partie de ces espèces : les macaques rhésus, les chats, les tigres et les hamsters. Seuls les hamsters ont présenté des symptômes cliniques sévères. De plus, les hamsters, chats et furets infectés ont transmis le coronavirus à d’autres hamsters, chats et furets. En dehors de ces infections expérimentales, des chats et chiens appartenant à des personnes infectées ont été testés positifs pour le coronavirus SARS-CoV-2, et quelques chats contaminés ont présenté des symptômes respiratoires légers. Dans deux fermes d’élevage de visons au Pays-Bas, des travailleurs ont indépendamment contaminé des visons, puis le coronavirus s’est propagé au sein des visons d’élevage et un employé a probablement attrapé la COVID-19 par l’intermédiaire des visons.

Pour les autres espèces, nous ne disposons pas encore de données expérimentales. Cependant, il est possible d’évaluer le risque que le coronavirus SARS-CoV-2 infecte une espèce donnée en analysant le récepteur ACE2 présent à la surface de ses cellules. En effet, pour que le coronavirus SARS-CoV-2 soit infectieux, il doit entrer dans les cellules de son hôte après avoir reconnu une partie de la protéine ACE2, qui joue le rôle de serrure pour la clé du coronavirus. Pour une espèce animale donnée, on peut considérer par approximation que plus cette partie de ACE2 (la serrure) est proche de celle de l’homme, plus sa probabilité d’être infecté par le coronavirus SARS-CoV-2 est grande. Par contre, il n’est pas possible de prédire la sensibilité d’une espèce au coronavirus SARS-CoV-2 en se basant uniquement sur la proximité phylogénétique de l’espèce concernée avec l’homme car certaines mutations de ACE2 sont apparues dans plusieurs espèces au cours de l’évolution.

Risque de contamination en fonction des espèces : allant de 0 (pas de risque) à 3 (risque élevé)

chauves-souris : 3

furets : 3

hamsters : 3

visons : 3 (contaminations humain-vers-vison et vison-vers-humain observées)

chats : 2 (quelques infections observées au laboratoire et dans les conditions naturelles, aucune transmission chat-vers-humain rapportée, transmission chat-chat possible)

tigres : 2 (quelques infections observées dans les conditions naturelles, aucune transmission tigre-vers-humain rapportée)

chiens : 1 (rares infections observées au laboratoire et dans les conditions naturelles, aucune transmission chien-vers-humain rapportée)

musaraignes arboricoles : 1 (infection légère observée au laboratoire)

cochons d’Inde : 0-1 (pas d’étude expérimentale, leur récepteur ACE2 ne devrait pas être bien reconnu par le coronavirus SARS-CoV-2)

lapins : 0-1 (pas d’étude expérimentale, leur récepteur ACE2 ne devrait pas être bien reconnu par le coronavirus SARS-CoV-2)

rats : 0-1 (leur récepteur ACE2 ne devrait pas être reconnu par le coronavirus SARS-CoV-2, pas d’étude expérimentale)

canards : 0 (pas d’infection au laboratoire)

cochons, sangliers : 0 (au laboratoire pas d’infection observée même si leur récepteur ACE2 est proche de l’humain)

poules, poulets : 0 (pas d’infection au laboratoire)

souris : 0 (pas d’infection au laboratoire, récepteurs ACE2 non reconnus par le coronavirus SARS-CoV-2)


facebook twitter linkedin

Sources

Le coronavirus SARS-CoV-2 a été inoculé dans le nez de 6 furets, 7 chats, 5 chiens, 5 cochons, 5 poulets et 5 canards. Les cochons, poulets et canards n’ont pas été contaminés. Par contre, les furets, les chats, et 2 des 5 chiens ont été contaminés. Les jeunes chats (70-100 jours) semblent plus vulnérables que les chats plus âgés (6-9 mois). Sur 6 chats en bonne santé, seul l’un d’entre eux a été infecté après avoir été mis en contact avec un chat contaminé. Les 2 chiens mis en contact avec les chiens contaminés n’ont pas été infectés.

Shi, J., Wen, Z., Zhong, G., Yang, H., Wang, C., Huang, B., ... & Zhao, Y. (2020). Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and other domesticated animals to SARS–coronavirus 2. Science, 368(6494), 1016-1020.

Le coronavirus SARS-CoV-2 a été inoculé dans le nez de 9 chauves-souris (Rousettus aegyptiacus), 9 furets (Mustela putorius), 9 cochons (Sus scrofa domesticus) et 17 poulets (Gallus gallus domesticus). Les poulets et les cochons n’ont pas été infectés. Toutes les chauves-souris ont été infectées : le coronavirus a été détecté plusieurs jours après mais aucun signe clinique, fièvre, perte de poids ou mortalité n'a été observé. Sur 3 nouvelles chauves-souris en bonne santé ajoutées dans la cage, l’une a été contaminée par les chauves-souris infectées. Les furets ont tous été infectés et l’ont transmis aux trois autres furets en bonne santé ajoutés dans leur cage, sans présenter de signes de maladie. Les furets et les chauves-souris ont développé une réponse immunitaire à l’infection au SARS-CoV-2 avec des anticorps neutralisants.

Schlottau, K., Rissmann, M., Graaf, A., Schön, J., Sehl, J., Wylezich, C., ... & Grund, C. (2020). SARS-CoV-2 in fruit bats, ferrets, pigs, and chickens: an experimental transmission study. The Lancet Microbe.

Les furets sont très sensibles à une infection par le coronavirus SARS-CoV-2 et transmettent le virus par contact direct ou indirect à travers une grille.

Kim, Y. I., Kim, S. G., Kim, S. M., Kim, E. H., Park, S. J., Yu, K. M., ... & Um, J. (2020). Infection and rapid transmission of SARS-CoV-2 in ferrets. Cell host & microbe.

Le hamster possède un récepteur ACE2 qui devrait être bien reconnu par le coronavirus SARS-CoV-2 d’après les prédictions informatiques. Au laboratoire, les hamsters sont infectés par le coronavirus SARS-CoV-2 et développent des symptômes pulmonaires. Dans cinq cages, un hamster infecté a été mis en présence d’un hamster sain et dans chaque cas, le hamster sain a été contaminé. Le cochon et le lapin possèdent aussi un récepteur ACE2 qui devrait être reconnu par le coronavirus SARS-CoV-2 d’après les prédictions informatiques.

Chan, J. F. W., Zhang, A. J., Yuan, S., Poon, V. K. M., Chan, C. C. S., Lee, A. C. Y., ... & Liang, R. (2020). Simulation of the clinical and pathological manifestations of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in golden Syrian hamster model: implications for disease pathogenesis and transmissibility. Clinical Infectious Diseases.

Les hamsters peuvent être infectés par le coronavirus SARS-CoV-2 et le transmettre à d’autres hamsters par contact direct ou bien par aérosols. Ils perdent du poids, développent une réponse immunitaire à l’infection au SARS-CoV-2 avec des anticorps neutralisants et finissent par récupérer leur poids initial.

Sia, S. F., Yan, L. M., Chin, A. W., Fung, K., Choy, K. T., Wong, A. Y., ... & Peiris, M. (2020). Pathogenesis and transmission of SARS-CoV-2 in golden hamsters. Nature, 1-7.

Les chats peuvent être infectés au laboratoire par le coronavirus SARS-CoV-2 et sont capables de le transmettre par contact direct à d'autres chats. Les chats infectés au laboratoire n’ont pas développé de symptômes mais ont présenté une forte réponse immunitaire à l’infection au SARS-CoV-2 en terme d'anticorps neutralisants, ce qui devrait empêcher une seconde réinfection. Aucune particule virale de SARS-CoV-2 n’a été détectée chez des chiens préalablement infectés par le coronavirus SARS-CoV-2 mais une réponse immunitaire avec la production d’anticorps neutralisants a été observée.

Bosco-Lauth, A., Hartwig, A. E., Porter, S., Gordy, P., Nehring, M., Byas, A., ... & Bowen, R. (2020). Pathogenesis, transmission and response to re-exposure of SARS-CoV-2 in domestic cats. bioRxiv.

Dans des foyers où des cas humains de COVID-19 ont été confirmés à Hong Kong, 2 des 15 chiens testés se sont révélés positifs pour le coronavirus SARS-CoV-2. Une réponse immunitaire avec des anticorps neutralisants a été détectée chez ces 2 chiens. Les séquences génétiques des virus des 2 chiens étaient identiques à celles des virus détectés chez les humains correspondants, confirmant ainsi que ce sont bien des cas de transmission de l'homme à l'animal. Les animaux sont restés asymptomatiques pendant la quarantaine.

Sit, T. H., Brackman, C. J., Ip, S. M., Tam, K. W., Law, P. Y., To, E. M., ... & Perera, R. A. P. M. (2020). Infection of dogs with SARS-CoV-2. Nature, 1-6.

Des visons dans onze fermes aux Pays-Bas se sont avérés porteurs du coronavirus SARS-CoV-2. Les visons présentaient des signes respiratoires et gastro-intestinaux, et le nombre de décès chez les visons a augmenté. Comme certains travailleurs de ces fermes présentaient des symptômes de la COVID-19 quelques jours auparavant, il est probable que les travailleurs agricoles aient été à l'origine des infections des visons. Certains chats aux alentours ont également développé des anticorps contre le coronavirus, suggérant qu'ils ont été contaminés par les visons.

Oreshkova, N., Molenaar, R. J., Vreman, S., Harders, F., Munnink, B. B. O., Hakze-van der Honing, R. W., ... & Tacken, M. G. (2020). SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020. Eurosurveillance, 25(23), 2001005.

Des macaques infectés par le SARS-CoV-2 par administration intranasale et intratrachéale combinée ont excrété le coronavirus dans les voies respiratoires supérieures et inférieures, mais ils ont présenté des symptômes cliniques légers.

Rockx, B., Feldmann, F., Brining, D., Gardner, D., LaCasse, R., Kercher, L., ... & Porcella, S. F. (2011). Comparative pathogenesis of three human and zoonotic SARS-CoV strains in cynomolgus macaques. PLoS One, 6(4), e18558.

Infection de musaraignes arboricoles au laboratoire.

Zhao, Y., Wang, J., Kuang, D., Xu, J., Yang, M., Ma, C., ... & Gao, J. (2020). Susceptibility of tree shrew to SARS-CoV-2 infection. bioRxiv.

Des souris infectées au laboratoire par le coronavirus SARS-CoV-2 ne présentent aucun symptômes et aucune charge virale, alors que des souris transgéniques qui possèdent le récepteur ACE2 humain sont contaminées, développent une pneumonie et perdent du poids.

Bao, L., Deng, W., Huang, B., Gao, H., Liu, J., Ren, L., ... & Qu, Y. (2020). The pathogenicity of SARS-CoV-2 in hACE2 transgenic mice. BioRxiv.

Dans un zoo à New-York, cinq tigres et trois lions ont été testés positifs pour le SARS-CoV-2. Ces animaux ont été infectés par un membre du personnel du zoo atteint de la COVID-19 qui était asymptomatique.

Article Newsroom.

En analysant les séquences des acides aminés qui composent la serrure ACE2 de diverses espèces et en modélisant leurs interactions physiques avec la clé Spike du coronavirus SARS-CoV-2, on peut en déduire que le coronavirus SARS-CoV-2 ne peut probablement pas infecter les rats, les souris, les cochons d’Inde et les lapins. Par contre, la clé Spike semble reconnaître la serrure ACE2 des furets et des chats aussi bien que celle des humains. L’autre serrure utilisée par le coronavirus SARS-CoV-2 pour entrer dans les cellules, une partie de la protéine TMPRSS2, est identique chez toutes les espèces analysées dans cette étude, et ne permet donc pas d’expliquer les différences de susceptibilité au coronavirus observées entre espèces.

Brooke, G. N., & Prischi, F. (2020). Structural and functional modelling of SARS-CoV-2 entry in animal models. Research Square preprint.

Analyse de cas de contamination dans 16 fermes d’élevage de visons au Pays Bas. L’analyse des séquences des coronavirus SARS-CoV-2 prélevés sur les visons et sur les humains indique qu’il y a eu au moins 10 cas de transmission vison vers humain.

Munnink et al. (2020) Jumping back and forth: anthropozoonotic and zoonotic transmission of SARS-CoV-2 on mink farms. BioRxiv.

Pour aller plus loin

Mon animal domestique peut-il attraper le COVID-19 et me le transmettre ?

Dois-je éviter le contact avec les animaux si je pense avoir la COVID-19 ?